涟水是个具有历史悠久的地方。从青莲岗和三里墩两处出土的文物看，早在四五千年前，在涟水这块土地上就已有人类居住。
涟水在历史上归属多变化，称谓也因而多有改变。
春秋时涟水属吴，战国时，先后属越、楚。秦时，属东海郡。楚汉之际，属西楚霸王项羽，汉初，属楚王韩信。汉高祖六年（公元前201年），降韩信为淮阴侯，分楚地为两国，涟水又属楚国。景帝时，被废除，汉武帝元狩六年（公元前117年），置淮浦县，属临淮郡。这是涟水建制之开始。
王莽时，改淮浦为淮敬。东汉光武帝时，淮浦属东海郡。章帝建初四年（公元79年），淮浦属下邳国。三国时，淮浦属魏，划归广陵郡，西晋因之。东晋十六国时，淮浦先后属后赵、前燕、前秦、东晋。
南北朝时，淮浦先后属刘宋。南齐建元二年（公元480年），称北东海郡，治所连口（即今涟城），并于北境置襄贲县。梁时，仍叫东海郡，北境有襄贲。东魏和北齐，襄贲县先后属西海郡，海安郡。
隋开皇三年（公元583年）罢诸郡为州，襄贲县属海州。五年（公元585）改襄贲为涟水县。因县北有涟水而得名，涟水之名始见。
唐初，武德四年9公元621年）置涟州，在县北三十里分置金城县。贞观元年（627年），涟水县属泗州。乾宁二年（公元985年，涟水属杨吴，后属南唐，周显得四年（公元957年），归于周。
宋初，涟水县属泗州。太平兴国三年十二月（公元987年）置涟水军，属淮南东路。熙宁五年（公元1072年）五年改涟水县，隶楚州。元佑二年（公元1087年），复为军。南宋建炎二年（公元1128年），涟水被金占领。绍兴元年，五年（公元1135年）废涟水军为县。十一年（公元1141年）割于金。绍定元年（公元1228年）改为涟水县，属宝应州。开庆元年（公元1259年）涟水被蒙古占领。景定元年（公元1260年）收复，三年（公元1262年）改为安东州，涟水县属安东州。
元至元十二年（公元1275年），安东州归附，以县境马骡山军寨作山阳县。先后划归山东路、淮安路。至正二十六年（公元1366年）归附朱元璋。
明洪武二年（公元1369年）正月降安东州为安东县，属淮安府。
清因明制，仍叫安东县，属淮安府。
民国初年，安东县直属江苏省。三年（公元1914年）三月十三日，因与奉天省（今辽宁）安东同名，改为涟水县。先后属淮扬道、第十一区（淮阴区）、第八区（东海区）、第七区（淮阴区）、第六区（淮阴区）、第七区（淮阴区）。
一九三九年三月一日，日寇侵占涟水，成立维持会，属伪江苏省公署徐州办事处。后属伪苏北行政专员公署。一九四○年三月十八日，涟水成立伪政府，仍属伪苏北行政专员公署。一九四四年二月一日，成立伪淮海省。
一九四○年八月二十七日，在中国共产党领导下，涟水县人民政府成立。一九四一年元旦，设涟东行署。元月二十四日，以盐河为界，将涟水分为涟水、涟东两县，分别属于淮海区、盐阜区。一九四一年秋，淮阴、涟水两县撤消，成立淮涟办事处。一九四二年夏，淮涟办事处撤消，恢复淮阴、涟水两县建制。一九四五年月七月一日，淮海、盐阜两行政公署合并，成立苏北临时行政委员会。涟水、涟东直属之。同年十月，成立淮海、盐阜两分区专署，涟水、涟东又分属之。同年十一月一日，苏皖边区政府成立，涟水属第六个行政区（淮海区），涟东属第五行政区（盐阜区）。一九四八年七月六日涟城解放。一九四九五月七日，苏北行政公署成立，涟水属淮阴区，涟东属盐阜区。
一九五○年六月十三日，涟水、涟东两县合并，仍名涟水县，属淮阴专区。一九七○年，淮阴专区改为淮阴地区，涟水属淮阴地区。一九八三年元月，江苏省实行市管县体制，涟水属淮阴市。二○○一年二月，原淮阴市改淮安市，涟水属淮安市。
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